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《细胞》杂志的明星方法论(STAR Methods)

栏目:行业知识作者:小编 发布时间:2022-04-20 10:50:15阅读次数:
在长期的科学研究实践中,出版界形成了科技论文的一般格式。至少在医学领域,“目标、方法、结果、结论”几乎已经成了所有论著型论文的标配。从某种意义上说,“方法(Methods)”这个部分尤其重要,因为最能体现科学的精神和价值。科学最重要的意义之一就在于科


《细胞》杂志的明星方法论(STAR Methods)(图1)


在长期的科学研究实践中,出版界形成了科技论文的一般格式。至少在医学领域,“目标、方法、结果、结论”几乎已经成了所有论著型论文的标配。从某种意义上说,“方法(Methods)”这个部分尤其重要,因为最能体现科学的精神和价值。科学最重要的意义之一就在于科学的方法和逻辑,在于试验与研究的可重复性(Reproducibility),它为科学研究的严谨性(Rigor)和稳健性(Robustness)提供了坚实的基础。


 为强化方法论在科学研究中的突出作用,提供更多方法论细节,便于作者、读者、审稿人三方对相关内容的把握,同时作为“开放科学”倡议的一部分,美国《细胞》(Cell)杂志在2016年发起了一套全新的方法论模板STAR Methods,即结构化的(Structured)、透明的(Transparent)、可获取的(Accessible)报告(Reporting),四个英文字母的缩写。时至今日、《细胞》主刊及旗下13本子刊都要求作者在投稿时使用STAR Methods模板来撰写他们的方法论部分。正如其名,STAR Methods正日渐成为医学论文方法论的“明星”。

 

《细胞》杂志的明星方法论(STAR Methods)(图2)


STAR Methods 的内容是什么


 根据《细胞》杂志官网提供的相关指南。STAR Methods由五个标题和和一个表格组成。分别是:

1.资源获得(Resource Availability):首先,作者要指定该文方法论部分的负责人,提供联系邮箱。这个负责人在文章评审和出版后的任何时候都有责任回应编辑和读者提出的问题。其次,作者在该部分需要说明所有材料、数据、代码的获得途径和方法。《细胞》杂志要求作者投稿前要将相关的数据、代码、补充资料以特定格式存储在期刊指定的存储机构。

2.试验类型和被试情况(Experimental Model & Subject Details):作者需要在此标题下列出研究中使用的所有实验,提供有关其种类、维护和处理等信息。相关指南对动物活体研究、人类研究、细胞系/原代培养物/微生物菌株/植物研究、实验性研究、体外器官研究等试验类型的报告写作提出了具体的要求。该部分还需符合ARRIVE等医学写作指南的要求(点击这里了解更多)。

3.方法论细节(Methods Details):作者应提供研究中所有程序的精确细节(如:化学合成和材料处理、行为任务、试剂生成等),以及每一步的研究如何、何时、何地以及为何进行。

 

《细胞》杂志的明星方法论(STAR Methods)(图3)


4.定量化及统计学分析(Quantification &Statistical Analysis):作者需描述所有统计方法、统计软件、建模方法的细节等。

5.其他信息(Additional Resources):作者需提供补充信息的网站链接,如,方案(Protocol)下载地址,为研究提供思路和方案的网络社区等。临床试验注册号和链接也应提供。

6.关键资源表(Key Resources Table):关键资源表用于强调和总结论文中呈现的结果所必需的材料和资源(包括合成所需的起始材料、转基因生物和菌株、细胞系、试剂、软件、实验模型和计算研究的原始源数据)。

 

《细胞》杂志的明星方法论(STAR Methods)(图4)

STAR Methods 有什么不同之处


1.STAR Methods中提供的信息是高度结构化的,读者、编辑和审稿人,乃至信息处理软件都可以很容易地抓取信息,并进行比较和评判。同时它也是详尽透明的,可获取的。

 2.传统的论文结构中,研究方法部分难免在“简练”和“全面”中纠结与取舍。而现在,期刊的信息化和网络化给我们提供了新的可能。《细胞》杂志明确表示STAR Methods只在网络版文章中出现,纸质版中出现的是从网络版中由机器自动抓取的信息摘要。并且STAR Methods不计入文章的总字数。得益于此,STAR Methods可以要求作者提供和研究有关的所有尽可能多的细节而无需考虑篇幅问题。

3.另一个重大不同在于,STAR Methods出现在文中的位置并不是传统的“研究目标”之后,“结果和讨论”之前;而是在“讨论”之后,各类声明和补充信息之前,几乎是位于文章的末尾。这样做的好处很明显,那就是可以在论文的前半部分保持整体的逻辑思路,然后将必要的细节放在文章的后半部分作为补充。

 

《细胞》杂志的明星方法论(STAR Methods)(图5)


STAR Methods的意义何在


1.“可重复性”和“可证伪性”是科学研究的重要内容。传统论文的方法论因为细节有限,如果试验重复失败,很难讲是研究本身的问题还是其他因素的影响。STAR Methods将所有的研究方法细节结构化地公之于众,“手把手”地为重复试验提供说明和指导,可以说为科学研究的“可重复性”做出了最大的努力。

2.在科学研究中,不同的学科领域之间总是互相学习,后人又总是踩在前人的肩膀上前进。从“开放科学”的角度来说,所有研究方法细节的披露,可以为本学科和相关学科的研究提供思路和启示,也非常有助于培养学术新人,可以大大促进全球的学术交流,也有利于让公众了解到科学研究的过程。

3.  STAR Methods有助于保证学术水准和学术道德。因为大量细节的披露,研究的每一个环节是否合理都成为读者、编辑和审稿人的评判对象。学术造假、数据篡改也会变得极其困难。在严格限定条件的情况下,如果研究结果还是不能复现,则说明研究可能存在严重问题,因此这将反过来督促研究者以最高水准要求自己。

 

《细胞》杂志的明星方法论(STAR Methods)(图6)


相对于《细胞》这样的顶级医学刊物,尚有一些中国的学术期刊对论文的“方法”部分不够重视,在投稿须知等说明性文件中也缺乏明确的指导和要求。鉴于中国期刊的实际,我们建议至少应鼓励作者将研究的数据、附录等细节上传至特定的存储装置(Repository),以“数据共享(点击这里了解)”的形式尽可能多地披露研究细节。我们期待这种方式能够使中国的学术论文在严密性和稳健性方面取得长足的进步。

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《细胞》杂志的明星方法论(STAR Methods)(图7)


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